На 30 май 2022 г. Ръководителят на Управляващия орган на Оперативна програма „Наука и образование за интелигентен растеж“ 2014-2020 одобри Наръчник за управление на Оперативна програма „Наука и образование за интелигентен растеж“, вариант 5, версия 4.
На 15 октомври 2021 г. Ръководителят на Управляващия орган на Оперативна програма „Наука и образование за интелигентен растеж“ 2014-2020 одобри Наръчник за управление на Оперативна програма „Наука и образование за интелигентен растеж“, вариант 5, версия 3.
На 12 май 2021 г. Ръководителят на Управляващия орган на Оперативна програма „Наука и образование за интелигентен растеж“ 2014-2020 одобри Наръчник за управление на Оперативна програма „Наука и образование за интелигентен растеж“, вариант 5, версия 2.
На 4 септември 2020 г. Ръководителят на Управляващия орган на Оперативна програма „Наука и образование за интелигентен растеж“ 2014-2020 одобри Наръчник за управление на Оперативна програма „Наука и образование за интелигентен растеж“, вариант 5, версия 1.
Направените промени отразяват констатация на Сертифициращия орган и препоръка от Сметната палата, както и прецизиране на уредбата на част от предвидените процедури в резултат от ежедневния опит при изпълнението им.