С Решение № C (2023) 5883 от 25 август 2023 г. Европейската комисия одобри предложените от Управляващия орган промени в програмата. Предложението за изменение има за цел насочване на освободен финансов ресурс към допустими мерки и бенефициенти по приоритетна ос 2 „Отпадъци“ на ОПОС 2014-2020 г. В съответствие с принципа на партньорство промените са съгласувани и одобрени от всички заинтересовани страни с оглед успешното им реализиране в обхвата на оперативната програма.
С Решение № C (2023) 3106 от 4 май 2023 г. Европейската комисия одобри предложените от Управляващия орган промени в програмата. Актуализирани са целевите стойности на показатели по приоритетна ос 1 „Води“, в изпълнение на член 30 и приложение II (5) от Регламент (ЕС) 1303/2013, с което се позволява преразглеждане на етапните и крайните цели на показателите в обосновани случаи, като например значителна промяна в икономическите условия, екологичните условия и условията на пазара на труда в държавата-член.
С Решение № C(2022) 7660 от 21 октомври 2022 г. Европейската комисия одобри предложените от Управляващия орган промени в програмата. С изменението й се създава нова приоритетна ос 7 „Подкрепа за бежанците от Украйна в България“. ОПОС ще осигури подкрепа за покриване на основните нужди на бежанците от Украйна чрез мярка, прилагана от Министерството на туризма – подкрепа за осигуряване на нощувка, закуска и топъл обяд. По този начин се допълват националните усилия за подкрепа на лицата от Украйна, получили временна закрила на територията на Р България.
С Решение № C(2022) 6096 от 22 август 2022 г. Европейската комисия одобри предложените от Управляващия орган промени в програмата. Осигурява се възможност за финансиране на допълнителни мерки по приоритетна ос 3 „Натура 2000 и биоразнообразие“, свързани със залесяване и въвеждане на определени лесовъдски практики в и извън защитените зони от мрежата „Натура 2000“.
С Решение № C(2019) 8408 от 19 ноември 2019 г. Европейската комисия одобри предложените от Управляващия орган промени в програмата. Извършените промени са свързани с преразпределяне на резерва за изпълнение и включване на допълнителни допустими дейности в обхвата на приоритетна ос 2 „Отпадъци“.